Точную дату основания монастыря назвать сложно. Согласно дошедшим до нас историческим источникам обитель основана между 1197 и 1206 годами благоверным князем Всеволодом III Юрьевичем Большое Гнездо.

23 ноября 1263 г. в соборе Богородице-Рождественского монастыря, в юго-западном углу под хорами, был погребен св. князь Александр Ярославич Невский. В 1723 году архимандрит Сергий получил Высочайший указ императора Петра I о перенесении в Санкт-Петербург мощей Александра Невского.

В Лаврентьевской летописи, которую большинство учёных считают копией Владимирского летописного свода 1305 года, на первом листе имеется запись XVI — начала XVII в.: «Книга Рожесвенского монастыря Володимерьскаго». По мнению А. Н. Насонова, именно в Богородице-Рождественском монастыре монах Лаврентий составлял свою летопись, здесь же была написана Троицкая летопись. 

В настоящее время в монастыре открыт музей, посвященный Александру Невскому.